非同一控制下的企业合并，合并方在合并日取得被合并方所有者权益的初始投资成本为支付对价（付出的资产、承担的债务、发行的股票等）的公允价值；合并方支付对价账面价值与初始投资成本之间的差额，确认相关资产处置损益或投资收益等，如合并方以存货作为合并对价，则按公允价值确认收入同时按账面价值结转成本。
合并方为合并而支付的审计、法律、咨询等直接相关费用计入当期损益（管理费用）；如合并方发行债券作为合并对价，则与发行债券相关的手续费、佣金等费用冲减债券初始确认金额，即冲减“应付债券-利息调整”；如合并方发行股票作为合并对价，则与发行股票相关的手续费、佣金等费用冲减资本公积（资本溢价或股本溢价），不足冲减的,冲减留存收益。
具体进行会计处理时，对于非同一控制下控股合并形成的长期股权投资，应在购买日按支付合并对价的公允价值（不含应自被投资单位收取的现金股利或利润)，借记“长期股权投资”科目，按享有被投资单位已宣告但尚未发放的现金股利或利润,借记“应收股利”科目，按支付合并对价的账面价值，贷记有关资产或负债科目，按其差额，贷记“资产处置损益”、“投资收益”等科目,或借记“资产处置损益”、“投资收益”等科目；如购买方以发行权益性证券作为合并对价的，应在购买日按照发行的权益性证券的公允价值,借记“长期股权投资”科目，按照发行的权益性证券的面值总额，贷记“股本”科目,按其差额,贷记“资本公积—资本溢价或股本溢价”科目，与发行股票相关的手续费、佣金等费用冲减“资本公积—资本溢价或股本溢价”，不足冲减的,冲减留存收益；如购买方以存货作为合并对价的，应在购买日按照存货的公允价值,借记“长期股权投资”科目，贷记“主营业务收入”或“其他业务收入”科目，按存货账面价值借记“主营业务成本”或“其他业务成本”科目，贷记相关存货。企业发生的审计、法律、咨询等合并直接相关费用,借记“管理费用”科目,贷记“银行存款”等科目。
